Le Registre du Conseil de Genève de 1538 est d'une formidable richesse, abordant des domaines aussi variés que l'économie, la religion, la justice, la politique et les institutions. L'année 1538 est marquée par la poursuite de la reconnaissance du droit de la Seigneurie sur les anciens biens ecclésiastiques - revendiqué par les Bernois d'une part et le roi de France d'autre part, dans un contexte où les soupçons d'espionnage comme les attroupements de soldats aux portes de Genève y font grandir l'inquiétude -, par l'affermissement du contrôle social et moral, par la création de la Chambre des Comptes, par l'unification cérémonielle avec Berne et surtout par le bannissement de Calvin et Farel. Les élections du début de l'année ayant porté au pouvoir leurs opposants, ces derniers tentent de les tenir à l'écart de la politique et de les museler en les empêchant de prêcher. N'y parvenant pas, ils les feront expulser de la ville pour insubordination.