Les événements allemands dominent l'année 1571, la polémique entre ubiquitaires, ou gnésioluthériens, et philippistes y faisant rage. Bullinger à Zurich et Bèze à Genève y prirent part, aux côtés des "philippistes". Notre auteur écrivit cette année-là un petit livre contre Selneccer, l'un des théologiens saxons ubiquistes et une grande préface au livre d'un jeune philippiste nommé Hardesheim, contre Andreae et Chemitz. Ce texte figure dans ce tome XII, dûment expliqué et annoté, et constitue un spécimen de ces luttes théologiques si ardentes et si difficiles à comprendre de nos jours. 1571 fut aussi l'année du Synode des Eglises de France de La Rochelle, que Bèze présida, et qui affirma solennellement la Confession ainsi que la Discipline des Eglises de France, ce qui occasionna quelques malentendus, laborieusement dissipés, entre Zurich et Genève.